基于清代文献记载，与内地和蒙古地区相比，清朝在新疆的立法并不成熟，在很长时间内没有颁行统一的刑事法规，相关案例中对法律的应用以皇帝个人意志为转移，这在很大程度上反映出在面对新疆这样一个多元之地，清朝统治者所面临的严峻挑战。可以肯定的是：第一，在总体上，盗马案犯和被盗马匹主人的民族身份，甚至还有他们的宗教信仰，都是清朝官员在司法审判中的重要考量因素，因而导致司法依据的多元局面；第二，乾隆时期，对新疆盗马案犯的处罚较之清朝其他地方更为严厉，而实施的刑罚主要受到《大清律例》的影响，也反映出清朝在重案中对司法一统的追求；第三，嘉庆以后，在对新疆盗马案的司法审判中，无论是司法程序，还是对盗马案的定罪与处罚，都与内地的法律文化日益趋同。