生物科学 类型
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258千字 字数
2017-08-01 发行日期
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生物信息学交叉学科：一书两篇章，涵盖理论方法及软件。

内容简介

生物信息学是运用生物学、数学、计算机科学等多学科技术与手段进行生物信息的获取、贮存、分析、利用的一门交叉学科，是目前生物学研究热门领域之一。

本书内容包括两个篇章：一是Windows系统下进行文献检索、数据库使用、引物设计、核酸蛋白序列分析、进化分析、蛋白结构分析、miRNA分析等理论与方法及相关软件使用介绍；二是linux系统下面对于基因组测序、RNAseq、miRNAseq等二代测序数据组装、基因预测、注释、表达分析等操作流程及相关软件介绍。

目录

  • 封面
  • 版权页
  • 其　他
  • 前言
  • 写作任务分工
  • 目录
  • 第0章 绪论
  • 0.1 生物信息学的发展历史
  • 0.1.1 Bioinformatics的来源
  • 0.1.2 生物信息学的定义
  • 0.1.3 人类基因组计划
  • 0.1.4 生物信息学发展重要人物及大事件
  • 0.2 生物信息学的研究内容
  • 0.2.1 生物分子数据的收集与管理
  • 0.2.2 数据库搜索及序列比较
  • 0.2.3 基因组序列分析
  • 0.2.4 基因表达数据的分析与处理
  • 0.2.5 蛋白质结构预测
  • 0.2.6 非编码RNA研究
  • 0.2.7 表观遗传学研究
  • 0.3 生物信息学的生物学基础知识
  • 0.3.1 遗传定律
  • 0.3.2 DNA分子结构
  • 0.3.3 基因结构
  • 0.3.4 中心法则
  • 0.3.5 密码子表
  • 0.3.6 蛋白质结构与功能
  • 0.3.7 PCR技术
  • 参考文献
  • Windows篇
  • 第1章 文献信息检索
  • 1.1 文献资源的分类
  • 1.1.1 根据出版形式进行分类
  • 1.1.2 综合分类法
  • 1.1.3 标识码及编号
  • 1.2 文献的格式
  • 1.3 文献检索
  • 1.3.1 文献检索词的来源
  • 1.3.2 搜索数据库选择
  • 1.3.3 检索式构建
  • 1.3.4 检索结果的处理
  • 1.3.5 CNKI数据库查询举例
  • 1.3.6 Elsevier数据库检索举例
  • 1.4 文献信息的价值判断及阅读
  • 1.4.1 文献的价值判断
  • 1.4.2 文献有效阅读
  • 1.5 科技查新
  • 习题
  • 参考文献
  • 第2章 生物信息数据资源
  • 2.1 核酸序列数据库
  • 2.1.1 GenBank数据库及其分类
  • 2.1.2 Entrez Nucleotide数据库及其分类
  • 2.1.3 NCBI其他数据库
  • 2.1.4 GenBank数据格式
  • 2.1.5 GenBank数据访问方式
  • 2.1.6 基因数据库记录格式及搜索
  • 2.2 蛋白质序列数据库
  • 2.2.1 UniProt数据库介绍
  • 2.2.2 Uniprot数据获得方式
  • 2.2.3 UniProt数据库记录格式
  • 2.3 蛋白质结构数据库
  • 2.3.1 PDB数据库发展历史
  • 2.3.2 RCSB PDB数据库介绍
  • 2.3.3 RCSB PDB数据库搜索
  • 2.3.4 RCSB PDB数据记录
  • 2.4 物种基因组数据库
  • 2.4.1 小鼠基因组数据库
  • 2.4.2 拟南芥基因组数据库
  • 2.5 代谢通路数据库
  • 2.5.1 在KEGG数据库搜索
  • 2.5.2 主页快速链接
  • 2.5.3 KEGG通路图及其元素意义
  • 2.6 基因组浏览器
  • 2.6.1 基因组数据展示内容
  • 2.6.2 BLAT搜索
  • 2.7 非编码RNA数据库
  • 2.7.1 miRNA数据库
  • 2.7.2 NONCODE数据库
  • 习题
  • 参考文献
  • 第3章 序列比对
  • 3.1 比对程序介绍
  • 3.2 比对序列相似性的统计特性
  • 3.3 在线BLAST序列比对
  • 3.4 本地运行BLAST
  • 3.4.1 BLAST程序的下载和安装
  • 3.4.2 搜索数据库的索引格式化
  • 3.4.3 运行BLAST程序，搜索本地序列数据库
  • 3.5 多序列比对
  • 3.5.1 ClustalX的使用
  • 习题
  • 参考文献
  • 第4章 核酸序列分析
  • 4.1 基因阅读框的识别
  • 4.2 基因其他结构区预测
  • 4.2.1 CpG岛的预测
  • 4.2.2 转录终止信号预测
  • 4.2.3 启动子区域的预测
  • 4.2.4 密码子偏好性计算
  • 4.3 引物设计
  • 4.3.1 引物设计的基本原则
  • 4.3.2 Primer 5引物设计
  • 4.3.3 利用Primer 5进行酶切位点分析
  • 4.4 核酸序列的其他转换
  • 习题
  • 参考文献
  • 第5章 蛋白质序列分析
  • 5.1 蛋白质理化性质和一级结构分析
  • 5.1.1 蛋白质理化性质分析
  • 5.1.2 蛋白质理化性质分布图
  • 5.1.3 蛋白质信号肽预测
  • 5.2 蛋白质二级结构分析
  • 5.2.1 蛋白质跨膜结构区分析
  • 5.2.2 蛋白质卷曲螺旋分析
  • 5.2.3 蛋白质二级结构预测分析
  • 5.3 蛋白质三维结构预测分析
  • 习题
  • 参考文献
  • 第6章 基因表达分析
  • 6.1 qPCR数据分析
  • 6.1.1 绝对定量分析方法
  • 6.1.2 相对定量方法分析
  • 6.2 基因芯片数据分析
  • 6.2.1 从GEO上下载基因芯片表达谱数据
  • 6.2.2 将表达谱数据导入MATLAB软件
  • 6.2.3 对soft格式文件的标准化
  • 6.2.4 差异表达基因筛选
  • 习题
  • 参考文献
  • 第7章 进化分析
  • 7.1 进化理论介绍
  • 7.1.1 种群是生物进化的基本单位
  • 7.1.2 可遗传的变异是生物进化的原始材料
  • 7.1.3 分子进化中性学说
  • 7.2 进化分析（以MEGA为例）
  • 7.2.1 序列准备
  • 7.2.2 序列比对
  • 7.2.3 建树计算
  • 7.2.4 进化树的调整
  • 习题
  • 参考文献
  • 第8章 非编码miRNA分析
  • 8.1 miRNA简介
  • 8.1.1 miRNA的生物合成
  • 8.1.2 miRNA调控基因表达的机理
  • 8.1.3 miRNA的生理调节作用
  • 8.2 miRNA靶基因预测
  • 8.2.1 miRNA靶基因的预测原理
  • 8.2.2 miRNA靶基因的预测软件
  • 8.2.3 miRNA靶基因的预测步骤
  • 8.3 调控靶基因的miRNA预测
  • 8.4 miRBase数据库的使用
  • 8.4.1 miRBase数据库的搜索
  • 8.4.2 miRBase数据库批量下载
  • 8.4.3 miRNA记录信息
  • 习题
  • 参考文献
  • Linux篇
  • 第9章 Linux系统
  • 9.1 Linux简介
  • 9.1.1 什么是Linux系统
  • 9.1.2 为什么要学习Linux系统
  • 9.1.3 如何学习Linux系统
  • 9.2 Linux系统安装
  • 9.2.1 Linux系统下载
  • 9.2.2 系统安装盘制作
  • 9.2.3 CentOS 6.5操作系统安装
  • 9.2.4 更新yum源
  • 9.3 Linux命令行模式——终端
  • 9.4 Linux系统开关机
  • 9.5 Linux系统文件
  • 9.5.1 Linux文件夹及其主要作用（以CentOS 6.5为例）
  • 9.5.2 Linux的文件信息的意义
  • 9.5.3 Linux命令帮助文件
  • 9.6 几个重要的快捷键
  • 9.7 Linux系统的命令
  • 9.7.1 Linux系统命令的输入格式
  • 9.7.2 常用命令及其常用选项介绍
  • 9.7.3 数据流重定向
  • 9.7.4 管道命令
  • 9.7.5 vim编辑器工具
  • 9.7.6 其他命令
  • 习题
  • 参考文献
  • 第10章 Perl语言
  • 10.1 Perl版本
  • 10.2 Perl标量数据
  • 10.2.1 Perl运算符
  • 10.2.2 标量变量
  • 10.2.3 数字及字符串的比较运算符
  • 10.3 列表与数组
  • 10.3.1 数组及其赋值操作
  • 10.3.2 数组元素的引用
  • 10.3.3 数组相关的几个命令
  • 10.4 哈希
  • 10.4.1 哈希赋值
  • 10.4.2 哈希的相关函数
  • 10.5 判断式及循环控制结构
  • 10.5.1 if条件判断式
  • 10.5.2 while循环结构
  • 10.5.3 until循环结构
  • 10.5.4 foreach循环结构
  • 10.5.5 each控制结构
  • 10.6 正则表达式
  • 10.6.1 正则表达式相关符号
  • 10.6.2 捕获变量
  • 10.6.3 正则表达式中特殊字符的意义
  • 10.7 Perl的排序
  • 10.7.1 sort命令
  • 10.7.2 sort与比较运算符及默认函数的连用
  • 10.8 Perl默认的函数的总结
  • 10.9 程序精解
  • 10.9.1 实例一：从fasta文件中寻找特定的序列
  • 10.9.2 实例二：文本内容分类统计功能
  • 10.9.3 实例三：统计文件内容是否有重复
  • 10.9.4 实例四：Scaffolds序列的排序
  • 习题
  • 参考文献
  • 第11章 测序方法及数据处理
  • 11.1 测序技术的发展
  • 11.1.1 第一代测序方法
  • 11.1.2 二代测序方法
  • 11.1.3 测序文库插入片段大小选择
  • 11.1.4 测序类型
  • 11.1.5 测序方法的搭配
  • 11.1.6 测序质量值
  • 11.2 测序数据处理
  • 11.3 测序数据质量分析
  • 11.3.1 用FastQC软件对测序数据进行评估
  • 11.3.2 NGSQCToolKit对测序Reads的处理
  • 11.3.3 FASTX_Toolkit对测序Reads的处理
  • 11.4 深度测序数据上传SRA数据库
  • 11.4.1 材料准备
  • 11.4.2 注册项目信息
  • 11.4.3 提供技术信息
  • 11.4.4 上传数据
  • 11.4.5 数据传输完毕状态
  • 习题
  • 参考文献
  • 第12章 基因组组装
  • 12.1 Velvet拼装软件
  • 12.1.1 Velvet软件安装
  • 12.1.2 Velvet参数介绍
  • 12.1.3 Velvet命令运行
  • 12.1.4 Velvet运行结果解读
  • 12.2 SOAPdenovo软件拼装
  • 12.2.1 软件的安装
  • 12.2.2 参数介绍
  • 12.2.3 SOAPdenovo命令运行
  • 12.2.4 SOAPdenovo运行结果解读
  • 12.3 ABySS软件拼装
  • 12.3.1 ABySS的安装
  • 12.3.2 ABySS主要参数介绍
  • 12.3.3 ABySS命令运行
  • 12.3.4 ABySS运行命令结果解读
  • 12.4 ALLPATH-LG软件拼装
  • 12.4.1 ALLPATH-LG的安装
  • 12.4.2 ALLPATH-LG的主要参数
  • 12.4.3 ALLPATH-LG测试数据运行过程解读
  • 12.4.4 运行结果解读
  • 12.5 Gaps修补
  • 12.5.1 GapFiller软件安装
  • 12.5.2 相关参数介绍
  • 12.5.3 程序运行命令
  • 12.5.4 运行结果解读
  • 12.6 基因组组装效果评估
  • 习题
  • 参考文献
  • 第13章 小RNA测序数据分析
  • 13.1 小RNA测序简介
  • 13.2 小RNA测序数据质控
  • 13.3 miRNA的识别
  • 习题
  • 参考文献
  • 第14章 RNA-seq数据分析
  • 14.1 转录组序列比对
  • 14.1.1 数据准备
  • 14.1.2 比对数据库
  • 14.1.3 TopHat软件下载及安装
  • 14.1.4 Bowtie软件和SAMtools软件下载及安装
  • 14.1.5 常用TopHat参数介绍
  • 14.1.6 基因组数据库序列索引
  • 14.1.7 TopHat使用实例
  • 14.1.8 输出文件说明
  • 14.2 转录本组的组装
  • 14.2.1 cufflinks的安装
  • 14.2.2 cufflinks的参数
  • 14.2.3 cufflinks的输出结果
  • 14.3 合并转录组
  • 14.3.1 用cuffmerge合并转录本的命令
  • 14.4 基因表达差异分析
  • 14.4.1 用cuffquant计算表达谱
  • 14.4.2 用cuffdiff计算不同样本表达谱的差异
  • 14.5 差异表达结果的热图表示
  • 习题
  • 参考文献
  • 第15章 基因预测
  • 15.1 GeneMark软件序列
  • 15.1.1 GeneMarkS的安装
  • 15.1.2 相关参数介绍
  • 15.1.3 GeneMarkS命令运行
  • 15.1.4 GeneMarkS运行结果解释
  • 15.2 Glimmer软件
  • 15.2.1 Glimmer软件安装
  • 15.2.2 相关命令参数介绍
  • 15.2.3 程序运行
  • 15.2.4 结果解读
  • 15.3 AUGUSTUS
  • 15.3.1 AUGUSTUS软件安装
  • 15.3.2 相关参数介绍
  • 15.3.3 训练AUGUSTUS
  • 15.4 PASA
  • 15.4.1 PASA软件安装
  • 15.4.2 相关命令参数介绍
  • 15.4.3 命令运行
  • 15.4.4 运行结果解读
  • 15.5 EVM (EVidenceModeler)
  • 15.5.1 EVM软件下载安装
  • 15.5.2 相关参数介绍
  • 15.5.3 EVM软件的运行
  • 习题
  • 参考文献
  • 第16章 基因注释及功能分析
  • 16.1 BLAST软件介绍
  • 16.1.1 BLAST软件安装
  • 16.1.2 相关命令参数介绍
  • 16.2 NR注释
  • 16.2.1 NR数据库制备过程
  • 16.2.2 NR注释过程
  • 16.3 COG注释
  • 16.3.1 COG数据库准备过程
  • 16.3.2 COG命令注释过程
  • 16.4 Swiss-Prot注释
  • 16.4.1 数据库准备
  • 16.4.2 Swiss-Prot注释过程
  • 16.4.3 InterPro注释
  • 16.5 KEGG注释
  • 16.6 GO注释
  • 习题
  • 参考文献
  • 附录A 生物信息学文件格式
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出版方

电子工业出版社

电子工业出版社成立于1982年10月，是国务院独资、工信部直属的中央级科技与教育出版社，是专业的信息技术知识集成和服务提供商。经过三十多年的建设与发展，已成为一家以科技和教育出版、期刊、网络、行业支撑服务、数字出版、软件研发、软科学研究、职业培训和教育为核心业务的现代知识服务集团。出版物内容涵盖了电子信息技术的各个分支及工业技术、经济管理、科普与少儿、社科人文等领域，综合出版能力位居全国出版行业前列。