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95千字 字数
2023-04-01 发行日期
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主编推荐语

本书系统地介绍使用R软件包操作系统发育树的全套流程。

内容简介

全书包括对树文件的解析，以及树与其相关数据的操作、整合、可视化等内容。本书由余光创撰写，旨在为系统发育树的操作与呈现提供指导。

目录

  • 版权信息
  • 内容简介
  • 关于作者
  • 推荐序
  • 前言
  • 第1篇 树数据的输入/输出及操作
  • 第1章 导入带有数据的树文件
  • 1.1 系统发育树构建概述
  • 1.2 系统发育树文件格式
  • 1.3 使用treeio导入树及相关数据
  • 1.4 总结
  • 1.5 本章练习题
  • 参考文献
  • 第2章 操作含有关联数据的树
  • 2.1 使用tidy接口操作树数据
  • 2.2 数据整合
  • 2.3 重新设定树的根节点
  • 2.4 重新调整分支标尺
  • 2.5 对包含数据的树取子集
  • 2.6 操作树数据以进行可视化
  • 2.7 总结
  • 2.8 本章练习题
  • 参考文献
  • 第3章 导出含有数据的树
  • 3.1 简介
  • 3.2 将树数据导出为BEAST Nexus格式的文件
  • 3.3 将树数据导出为jtree格式的文件
  • 3.4 总结
  • 3.5 本章练习题
  • 参考文献
  • 第2篇 树数据的可视化及注释
  • 第4章 系统发育树可视化
  • 4.1 简介
  • 4.2 使用ggtree包对系统发育树进行可视化
  • 4.3 绘制树的构成部分
  • 4.4 对树列表进行可视化
  • 4.5 总结
  • 4.6 本章练习题
  • 参考文献
  • 第5章 系统发育树注释
  • 5.1 使用图形语法对树进行可视化及注释
  • 5.2 进化树注释图层
  • 5.3 使用进化软件输出结果注释树
  • 5.4 总结
  • 5.5 本章练习题
  • 参考文献
  • 第6章 系统发育树的可视化探索
  • 6.1 查看选定的进化枝
  • 6.2 缩小选定的进化枝
  • 6.3 折叠及展开进化枝
  • 6.4 对分类单元进行分组
  • 6.5 对系统发育树结构的探索
  • 6.6 总结
  • 6.7 本章练习题
  • 参考文献
  • 第7章 绘制含有数据的树
  • 7.1 将外部数据映射到树结构
  • 7.2 基于树的结构将图与树对齐
  • 7.3 对含有关联矩阵的树进行可视化
  • 7.4 对含有多序列比对结果的树进行可视化
  • 7.5 复合图
  • 7.6 总结
  • 7.7 本章练习题
  • 参考文献
  • 第8章 使用轮廓图和子图注释进化树
  • 8.1 使用图像注释进化树
  • 8.2 使用phylopic注释进化树
  • 8.3 使用子图注释进化树
  • 8.4 玩转phylomoji
  • 8.5 总结
  • 8.6 本章练习题
  • 参考文献
  • 第3篇 ggtree拓展包
  • 第9章 对其他树形对象使用ggtree包
  • 9.1 使用ggtree包绘制系统发育树对象
  • 9.2 使用ggtree包绘制树状图
  • 9.3 使用ggtree包绘制树形网络图
  • 9.4 使用ggtree包绘制其他树形结构
  • 9.5 总结
  • 9.6 本章练习题
  • 参考文献
  • 第10章 使用ggtreeExtra包在环形布局上呈现数据
  • 10.1 简介
  • 10.2 基于树的结构将图与树对齐
  • 10.3 在多维数据的可视化中将多个图与树对齐
  • 10.4 群体遗传学示例
  • 10.5 总结
  • 10.6 本章练习题
  • 参考文献
  • 第11章 其他ggtree扩展包
  • 11.1 使用MicrobiotaProcess包进行分类学注释
  • 11.2 使用tanggle包可视化系统发育网络图
  • 11.3 总结
  • 11.4 本章练习题
  • 参考文献
  • 第4篇 杂项
  • 第12章 ggtree包中的实用工具
  • 12.1 分面相关实用工具
  • 12.2 几何对象图层
  • 12.3 布局相关工具
  • 12.4 标尺相关工具
  • 12.5 树数据相关工具
  • 12.6 树相关工具
  • 12.7 交互式ggtree注释
  • 12.8 本章练习题
  • 第13章 可重复示例图库
  • 13.1 绘制系统发育树与核苷酸序列之间的距离
  • 13.2 以不同的符号点呈现自举值
  • 13.3 突出显示不同分组
  • 13.4 含有基因组位点结构信息的系统发育树
  • 参考文献
  • 附录A 常见问题
  • A.1 安装相关问题
  • A.2 R语言相关问题
  • A.3 美学映射相关问题
  • A.4 文本和标签相关问题
  • A.5 分支设置
  • A.6 为不同的分面面板设置不同的x轴标签
  • A.7 在树的底部图层绘制图形
  • A.8 扩大环形布局或扇形布局树的内部空间
  • A.9 使用离根最远的叶节点作为时间尺度树的原点
  • A.10 删除环形布局树的空白边距
  • A.11 编辑树图的细节
  • 参考文献
  • 附录B 相关工具
  • B.1 MircrobiotaProcess包：将物种分类表转换为treedata对象
  • B.2 rtol包：Open Tree API的R接口
  • B.3 将ggtree对象转换为plotly对象
  • B.4 绘制漫画风格的系统发育树（类似xkcd）
  • B.5 绘制ASCII Art形式的有根树
  • B.6 放大树的选定部分
  • B.7 在ggtree包中使用ggimage包的提示
  • B.8 在Jupyter Notebook中运行ggtree包
  • 参考文献
  • 附录C 练习题答案
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出版方

电子工业出版社

电子工业出版社成立于1982年10月，是国务院独资、工信部直属的中央级科技与教育出版社，是专业的信息技术知识集成和服务提供商。经过三十多年的建设与发展，已成为一家以科技和教育出版、期刊、网络、行业支撑服务、数字出版、软件研发、软科学研究、职业培训和教育为核心业务的现代知识服务集团。出版物内容涵盖了电子信息技术的各个分支及工业技术、经济管理、科普与少儿、社科人文等领域，综合出版能力位居全国出版行业前列。